În noaptea de 12 spre 13 iunie 1941, potrivit datelor de arhivă, în Basarabia, Nordul Bucovinei şi Herţa au fost ridicate de la casele lor 29.839 de persoane, dintre care 5479 au fost arestate (ca „membri ai organizaţiilor contrarevoluţionare şi alte elemente antisovietice”) şi 24.360 au fost deportate.
Acesta a fost primul din cele 3 valuri de deportări masive de populaţie din RSSM. Violenţa şi represaliile au fost modalităţile sigure prin care puterea sovietică îşi putea impune voinţa în spaţiul de la est de Prut. Doar în RSS Moldovenească au fost arestate 18.392 persoane – 4507 „capi de familie” (4342 din considerente politice şi 165 cu dosare penale) şi 13.885 persoane deportate.
Deportații au fost transportati în conditii inumane, în vagoane de marfă închise, iar pe drumul care putea dura şi şase săptămâni, aceştia nu au beneficiat de asistenţă medicală, de apă sau mâncare şi au călătorit în condiţii igienice precare. La destinaţie au fost obligaţi să îşi construiască propriile lagăre, să lucreze în condiţii foarte grele – temperaturi extreme, norme de muncă greu de atins, hrana proastă şi puţină.
Contingentul deportat era împărțit astfel: bărbaţii erau trimişi în lagăre de concentrare (Gulag), iar soţiile şi copiii lor – în localităţi speciale pentru „strămutaţi” în regiunile Karaganda (Kazahstan), Omsk şi Novosibirsk (Siberia Centrală). Unii nu au mai ajuns la destinaţie, iar 80% dintre ei și-au pierdut viața în lagăr. Doar puţini au supravieţuit prin minune în condiţii de viaţă mizerabile şi climă aspră.
Conform Historia.ro, într-un memoriu întocmit la 15 noiembrie 1941 de autorităţile române se menţiona unde au fost deportaţi basarabenii: S.S. Kazahă -9.954 de persoane, R.A.S.S. Komi – 352, regiunea Krasnoiarsk – 470; regiunea Omsk -6.085 şi regiunea Novosibirsk – 5.787. Toţi erau acuzaţi de troica NKVD şi deportaţi pe termene care ajungeau la 20 de ani.
Deportările au fost o formă a represiunii politice puse în practică de autoritățile sovietice.